Ne jamais sous-estimer le pouvoir… de nos selles ! Le principe peut surprendre, en effet. La transplantation de microbiote fécal ou « greffe fécale » consiste à transférer des micro-organismes provenant des selles d'un donneur sain vers l'intestin d'un patient afin de restaurer un microbiote plus équilibré. Concrètement, les selles sont rigoureusement sélectionnées et contrôlées pour éviter tout risque infectieux. Elles peuvent ensuite être administrées par coloscopie, sonde digestive ou parfois sous forme de gélules. Aujourd'hui, cette approche est déjà reconnue dans certaines infections récidivantes à Clostridioides difficile (bactérie principale de la diarrhée nosocomiale), où son efficacité peut dépasser 80 %. La technique est explorée dans les maladies chroniques de l'intestin (MICI), comme la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique. En oncologie aussi, plusieurs équipes étudient le rôle du microbiote dans la réponse à certaines immunothérapies contre le cancer. Pour autant, son utilisation demeure strictement expérimentale dans la fibromyalgie.
Une nouvelle piste dans la fibromyalgie
Pour rappel, cette maladie chronique se caractérise par une douleur constante qui envahit le corps sans laisser de traces visibles aux examens. Épuisement permanent, sommeil non réparateur, difficultés de concentration, douleurs musculaires diffuses… La fibromyalgie, qui touche majoritairement des femmes, reste l'un des syndromes chroniques les plus complexes à comprendre pour les médecins. Selon l'expertise collective de l'Inserm publiée en 2020, la fibromyalgie toucherait environ 1,6 % de la population française, soit près de 1,2 million de personnes. L'institut souligne également les conséquences parfois majeures de la maladie sur la vie quotidienne, avec des « restrictions d'activités, un handicap moteur invalidant et des arrêts de travail prolongés » Malgré des années de recherche, ses mécanismes demeurent mal élucidés et les traitements peinent souvent à soulager durablement les malades. Pourtant, une piste inattendue attire désormais l'attention des chercheurs. Fin avril 2026, Le Quotidien du Médecin revenait sur des travaux explorant le rôle du microbiote intestinal dans les douleurs chroniques et l'hypothèse, encore expérimentale, d'une greffe fécale dans la fibromyalgie.
Pourquoi le microbiote intrigue les chercheurs ?
Depuis quelques années, les chercheurs regardent de plus en plus du côté du microbiote intestinal pour tenter de mieux comprendre la fibromyalgie. Longtemps appelée « flore intestinale », cette communauté de micro-organismes invisibles à l'œil nu (bactéries, virus, champignons, parasites) joue un rôle bien plus vaste qu'on ne l'imaginait. Car le microbiote ne sert pas seulement à digérer les aliments. À travers ce que les scientifiques appellent l'axe intestin-cerveau, il communique en permanence avec le système nerveux, joue un rôle dans l'immunité et certaines voies impliquées dans la douleur, mais aussi dans l'humeur, le sommeil ou les fonctions cognitives. Chez les personnes atteintes de fibromyalgie, cette piste intrigue d'autant plus que les troubles digestifs sont fréquents. Près d'un tiers des patients souffriraient également d'un syndrome du côlon irritable, tandis que certains rapportent une amélioration partielle de leurs symptômes après des modifications alimentaires. En 2019, une étude canadienne montrait pour la première fois une corrélation entre certaines bactéries intestinales et l'intensité des symptômes fibromyalgiques.
Des déséquilibres du microbiote déjà observés dans plusieurs travaux
Sans constituer une découverte à elle seule, une revue exploratoire publiée en avril 2026 dans le Journal of orthopaedic case reports permet de synthétiser les recherches menées ces dernières années sur le microbiote dans la fibromyalgie. Les auteurs y recensent plusieurs anomalies déjà observées chez certains patients, notamment une diminution de bactéries considérées comme protectrices et une augmentation d'espèces pro-inflammatoires susceptibles d'entretenir une inflammation discrète mais persistante. Les chercheurs évoquent également des perturbations touchant certains métabolites, ces substances fabriquées par les bactéries intestinales qui participent notamment à la régulation de la sérotonine, un neurotransmetteur jouant un rôle important dans la douleur, le sommeil et l'humeur. Reste une question essentielle : ces altérations du microbiote sont-elles une conséquence de la maladie… ou l'un des mécanismes qui contribuent à l'entretenir ?
Quand les bactéries transmettent la douleur
Le véritable tournant est venu d'une étude publiée en 2025 dans la revue scientifique Neuron. Des chercheurs ont transplanté le microbiote intestinal de femmes atteintes de fibromyalgie à des souris élevées sans bactéries intestinales. Résultat, les animaux ont développé une hypersensibilité à la douleur ainsi que des comportements évoquant l'anxiété ou la dépression. À l'inverse, lorsque les scientifiques ont remplacé ce microbiote par celui de donneurs sains, les symptômes douloureux se sont atténués. « Nos résultats montrent que les symptômes de la fibromyalgie peuvent être transférés par le microbiote intestinal, explique Emmanuel Gonzalez, coauteur de l'étude et chercheur à l'Université Mc Gill. Cela ouvre potentiellement la voie à de nouvelles approches thérapeutiques ciblant directement le microbiote. »
Des patientes qui décrivent une amélioration
Les scientifiques ne se sont pas limités aux modèles animaux. Dans le prolongement de ces travaux, un essai pilote a été mené chez des femmes souffrant de fibromyalgie sévère et résistante aux traitements. Après transplantation de microbiote issu de donneuses en bonne santé, plusieurs patientes ont rapporté une amélioration des douleurs, du sommeil ou de la fatigue. Les améliorations rapportées restent partielles. Certaines femmes évoquent surtout davantage d'énergie, un sommeil plus réparateur ou une reprise progressive de certaines activités du quotidien. Mais ces résultats doivent être interprétés avec prudence. L'essai reste ouvert, sans groupe placebo, et porte sur un très petit nombre de patientes. Il faudra donc des études contrôlées, sur des effectifs plus larges, avant de savoir si la greffe fécale peut réellement devenir une option thérapeutique dans la fibromyalgie.
Une médecine encore pleine d'incertitudes
Malgré l'intérêt croissant pour cette approche, les spécialistes mettent en garde contre tout emballement. « Ce n'est pas du tout anodin de prendre des selles d'un être humain et de les apporter à un autre être humain », tempérait le gastro-entérologue Harry Sokol, spécialiste du microbiote à Hôpital Saint-Antoine à Paris, dans un entretien publié en 2023 sur la plateforme d'information médicale Sanofi Campus Microbiote. Le spécialiste insistait notamment sur la nécessité de sélectionner des donneurs extrêmement contrôlés afin de limiter les risques infectieux. Les effets secondaires observés jusqu'ici, diarrhées transitoires, ballonnements ou inconforts digestifs, semblent généralement modérés mais des risques infectieux persistent encore. Les chercheurs doivent également déterminer quels patients pourraient réellement bénéficier de cette approche, à quel moment de la maladie elle serait la plus pertinente et combien de temps les effets observés peuvent durer.
Une nouvelle manière de regarder la fibromyalgie
Au-delà de la seule greffe fécale, ces recherches participent surtout à changer le regard porté sur la fibromyalgie. Longtemps considérée comme une maladie difficile à expliquer, parfois minimisée voire raillée par des médecins « fibro-sceptiques », elle apparaît aujourd'hui comme un trouble complexe impliquant le système nerveux, l'immunité, le sommeil, le métabolisme… et, de plus en plus, les bactéries intestinales. Cette piste ouvre la voie à d'autres approches plus ciblées, comme les probiotiques de nouvelle génération ou les traitements dérivés du microbiote. Pour les patients, ces recherches ne signifient pas qu'un traitement miracle est imminent. Mais elles marquent peut-être le début d'une médecine qui cherche à mieux comprendre les mécanismes biologiques d'une maladie longtemps restée dans l'ombre.
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